В Request Tracker есть много интсрументов для расширения функционала без patch'ей, но и держать в их в одной директории с инсталяцией не стоит. Возможно завтра вы захотите их скопировать на новый сервер или вам нужно внести изменения и от-тестировать их предварительно. Запакуйте ваши изменения в расширение, ведь сделать это элементарно.